Todas as actividades letivas do Colégio de S. Mamede são coordenadas pelos diversos Departamentos e, levadas a cabo, pelos Grupos Disciplinares que os constituem e definem. Cabe também aos Departamentos Curriculares monitorizar os resultados obtidos nas actividades pedagógicas e colaborar na definição de acções de melhoria, tendo como objectivo a melhoria de desempenho ao nível do processo de ensino.

Neste ano letivo, a escola encontra-se organizada da seguinte forma:

Educação Pré-Escolar

Departamento do 1.º Ciclo do Ensino Básico

Departamentos de Estudos Linguísticos e Literários

Grupo Disciplinar de Língua Portuguesa

Grupo Disciplinar de Línguas Estrangeiras

Grupo Disciplinar de Ciências Sociais e Humanas

Departamento de Ciências Exactas e Naturais

Grupo Disciplinar de Ciências Físicas e Naturais

Grupo Disciplinar de Ciências Exactas